西藏自治区农牧科学院农业研究所青稞基因组变异发掘中标结果公告
公告概要：
| 公告信息： | |||
| 采购项目名称 | 青稞基因组变异发掘 | ||
| 品目 | 服务/其他服务 | ||
| 采购单位 | 西藏自治 (略) 农业研究所 | ||
| 行政区域 | 西藏自治区 | 公告时间 | **日 11:13 |
| 开标时间 | **日 10:00 | ||
| 预算金额 | ￥90.*万元（人民币） | ||
| 联系人及联系方式： | |||
| 项目联系人 | 谭先生 | ||
| 项目联系电话 | 0891-* | ||
| 采购单位 | 西藏自治 (略) 农业研究所 | ||
| 采购单位地址 | (略) 金珠西路157号 | ||
| 采购单位联系方式 | 0891-* | ||
| 代理机构名称 | (略) | ||
| 代理机构地址 | (略) 林廓北路2号（ (略) 内） | ||
| 代理机构联系方式 | * | ||
| 附件： | |||
| 附件1 | （定稿）B24-001_青稞基因组变异发掘_招标文件.pdf | ||
(略) 受西藏自治 (略) 农业研究所 委托，根据《中华人民共和国政府采购法》等有关规定，现对青稞基因组变异发掘进行其他招标，欢迎合格的供应商前来投标。
项目名称：青稞基因组变异发掘
项目编号：XZLX-BMC-2024-001
项目联系方式：
项目联系人：谭先生
项目联系电话：0891-*
采购单位联系方式：
采购单位：西藏自治 (略) 农业研究所
采购单位地址： (略) 金珠西路157号
采购单位联系方式：0891-*
代理机构联系方式：
代理机构： (略)
代理机构联系人：*
代理机构地址： (略) 林廓北路2号（ (略) 内）
一、采购项目内容
青稞基因组变异发掘中标结果公告一、项目编号：XZLX-BMC-2024-001
二、项目名称：青稞基因组变异发掘
三、中标信息
供应商名称：北京诺禾 (略)
供应商地址： (略) 昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室
中标金额：87.99万元
四、主要标的信息
| 服务名称 | 服务范围 | 服务要求 | 服务时间 | 服务标准 |
| 青稞基因组变异发掘 | 424份材料进行重测序；二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。 | 424份材料进行重测序 | 项目周期：90个工作日 | （1）提取+建库； （2）要求数据不小于50G； （3）50G数据call SNP+Indel； （4）利用华大T7平台进行测序。 |
| 二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。 | 项目周期：150个工作日 | （1）二代建库； （2）二代测序，要求50X； （3）二代survey，做kmer预估； （4）三代hifi测序，要求30-40X； （5）Hic建库； （6）Hic测序，要求100X； （7）三代转录组80G； （8）二代转录组，用于辅助注释； （9）染色体水平的组装 分析内容包括： contig组装+Hi-C挂载+组装结果评估 组装结果评估分析内容： 1.序列完整性评估：BUSCO评估：C值：90%以上代表完整性较好；CEGMA评估：90%以上代表完整性较好； 2.序列一致性评估，reads mapping率和基因组覆盖率，95%以上较好；SNP Calling：纯合SNP 0.01%以下，代表单碱基准确度高； 3.序列准确性评估：QV值一般在50以上非常好，45以上比较好。 （10）注释 其分析内容包括：重复序列注释+基因结构注释+基因功能注释+非编码RNA注释，对重复序列占比，预测出编码基因的个数，可预测到功能的基因比例的统计。 重复序列注释：微卫星序列，小卫星序列，DNA转座子，LTR，LINE和SINE等； 基因结构注释：整合De novo预测，同源预测与RNA-seq预测结果进行基因结构预测； 基因功能注释：基因与数据库比对获得功能预测结果，包括以下数据库：Swissprot，Nr，KEGG，InterPro，GO，Pfam； 非编码RNA注释：rRNA、tRNA、snRNA、miRNA的预测。 分析内容包括：基因家族聚类分析+系统进化分析+物种分歧时间估算+基因家族扩张和收缩分析+正选择分析+全基因组复制分析+基因组共线性分析。 |
五、评审专家名单：尼玛曲措、达勇、黄昌军、江合适、米玛普尺
六、代理服务收费标准及金额：发改价格（2015）299号及招标文件规定计取，1.3198万元
七、公告期限
自本公告发布之日起1个工作日。
八、其他补充事宜：/
九、凡对本次公告内容提出询问，请按以下方式联系。
1.采购人信息
名 称：西藏自治 (略) 农业研究所
地 址： (略) 金珠西路157号
联系方式：0891-*
2.采购代理机构信息
名 称： (略)
地 址： (略) 林廓北路2号（ (略) 内）
联系方式：*
3.项目联系方式
项目联系人：谭先生
电 话：0891-*
二、开标时间：**日 10:00
三、其它补充事宜
无
四、预算金额：
预算金额：90.* 万元（人民币）
