细菌基因组框架图测序招标公告

名称

参数要求

细菌基因组框架图测序

1.DNA质检

需要对提供的DNA样本进行质检，要求： DNA总量≧2μg；核酸浓度≧20ng/μl;琼脂糖凝胶电泳确定DNA质量，要求条带清晰，无DNA污染，无蛋白污染;

2. 测序平台

采用二代高通量测序平台进行测序，测序策略为PE150。

3.测序数据量

平均每个样品测序产生的原始数据量≥1Gbyte。

4.测序质量

过滤后获得的有效数据在Q30水平（即碱基正确识别率超过99.9%）的碱基占总体碱基的比例≥88%；在Q20水平（即碱基正确识别率超过99%）的碱基占总体碱基的比例≥95%。

5.生物信息学分析

5.1 样品组装：选择最优的参数组装筛选获得基因组的最初的基因组组装结果，采用krskgf、gapclose等软件对初步组装结果进行优化和补洞，从而得到最终的组装结果。

5.2 基因组注释：使用GeneMarkS对新测序的基因组进行编码基因预测。

5.3 重复序列搜寻：使用多种软件对组装序列进行重复序列预测，如RepeatMasker，TRF等，重复序列的类型应包括散在重复序列、串联重复序列。

5.4 基于序列组成，采用IslandPath-DIOMB软件预测基因岛，其通过检测序列中二核苷酸偏向性和移动性基因以判定基因岛以及潜在的水平基因转移。

5.5 功能分析：对预测的基因进行功能注释，比对的数据库数≥6个，应涵盖GO、KEGG、COG、NR、Pfam、Card。

6.应具备但不限于以下高级分析能力

cgmlst分析、GWAS关联分析、比较基因组分析及群体进化分析。

7.项目周期

每批样本的测序周期从建库成功开始，完成所有测序、数据处理工作及提供结题所需时间＜30工作日。

8.平台要求

配备最新测序服务设备，测序通量 ≥1.7Tb/run/台的仪器超过20台，如 Illumina Hiseq X，Novaseq等；具备高性能计算平台，总内存≥300TB，总存储≥20PB。

9.结题报告

项目结题时，应提供：

9.1质检文件：DNA质检报告。

9.2实验图像：扫描图像文件，所有样品的质检电泳图。

9.3实验文件：所有实验步骤，包括建库测序和生物信息学分析的具体方法和步骤。

9.4 实验数据：提供原始数据文件、生物信息学分析的图或表、数据分析结果。

10.技术支持：完成服务后的1年内，继续提供技术支持，并解答实验与分析过程中的技术问题。同时，工作日期间，技术咨询和售后服务响应时间小于24小时。