公告概要：
| 公告信息： | |||
| 采购项目名称 | 青稞基因组变异发掘 | ||
| 品目 | 服务/其他服务 | ||
| 采购单位 | 西藏自治区农牧科学院农业研究所 | ||
| 行政区域 | 西藏自治区 | 公告时间 | 2024年02月20日 11:13 |
| 开标时间 | 2024年02月20日 10:00 | ||
| 预算金额 | ￥90.******查看详情万元（人民币） | ||
| 联系人及联系方式： | |||
| 项目联系人 | 谭先生 | ||
| 项目联系电话 | 0891-*******查看详情 | ||
| 采购单位 | 西藏自治区农牧科学院农业研究所 | ||
| 采购单位地址 | 西藏拉萨市金珠西路157号 | ||
| 采购单位联系方式 | 0891-*******查看详情 | ||
| 代理机构名称 | 西藏立信招标有限公司 | ||
| 代理机构地址 | 拉萨市林廓北路2号（新气象宾馆院内） | ||
| 代理机构联系方式 | 136*****058 | ||
| 附件： | |||
| 附件1 | （定稿）B24-001_青稞基因组变异发掘_招标文件.pdf | ||
西藏立信招标有限公司受西藏自治区农牧科学院农业研究所 委托，根据《中华人民共和国政府采购法》等有关规定，现对青稞基因组变异发掘进行其他招标，欢迎合格的供应商前来投标。
项目名称：青稞基因组变异发掘
项目编号：XZLX-BMC-2024-001
项目联系方式：
项目联系人：谭先生
项目联系电话：0891-*******查看详情
采购单位联系方式：
采购单位：西藏自治区农牧科学院农业研究所
采购单位地址：西藏拉萨市金珠西路157号
采购单位联系方式：0891-*******查看详情
代理机构联系方式：
代理机构：西藏立信招标有限公司
代理机构地址： 拉萨市林廓北路2号（新气象宾馆院内）
一、采购项目内容
青稞基因组变异发掘中标结果公告一、项目编号：XZLX-BMC-2024-001
二、项目名称：青稞基因组变异发掘
三、中标信息
中国采招网'（bidc enter.com.cn）
供应商名称：北京诺禾致源科技股份有限公司
供应商地址：北京市昌平区回龙观镇生命园路29号创新大厦B258室
中标金额：87.99万元
四、主要标的信息
| 服务名称 | 服务范围 | 服务要求 | 服务时间 | 服务标准 |
| 青稞基因组变异发掘 | 424份材料进行重测序；二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。 | 424份材料进行重测序 | 项目周期：90个工作日 | （1）提取+建库； （2）要求数据不小于50G； （3）50G数据call SNP+Indel； （4）利用华大T7平台进行测序。 |
| 二代测序后从中筛选5个材料进行染色体水平测序与组装，以大麦基因组4.5G为参考。 | 项目周期：150个工作日 | （1）二代建库； （2）二代测序，要求50X； （3）二代survey，做kmer预估； （4）三代hifi测序，要求30-40X； （5）Hic建库； （6）Hic测序，要求100X； （7）三代转录组80G； （8）二代转录组，用于辅助注释； （9）染色体水平的组装 分析内容包括： contig组装+Hi-C挂载+组装结果评估 组装结果评估分析内容： 1.序列完整性评估：BUSCO评估：C值：90%以上代表完整性较好；CEGMA评估：90%以上代表完整性较好； 2.序列一致性评估，reads mapping率和基因组覆盖率，95%以上较好；SNP Calling：纯合SNP 0.01%以下，代表单碱基准确度高； 3.序列准确性评估：QV值一般在50以上非常好，45以上比较好。 （10）注释 其分析内容包括：重复序列注释+基因结构注释+基因功能注释+非编码RNA注释，对重复序列占比，预测出编码基因的个数，可预测到功能的基因比例的统计。 重复序列注释：微卫星序列，小卫星序列，DNA转座子，LTR，LINE和SINE等； 基因结构注释：整合De novo预测，同源预测与RNA-seq预测结果进行基因结构预测； 基因功能注释：基因与数据库比对获得功能预测结果，包括以下数据库：Swissprot，Nr，KEGG，InterPro，GO，Pfam； 非编码RNA注释：rRNA、tRNA、snRNA、miRNA的预测。 分析内容包括：基因家族聚类分析+系统进化分析+物种分歧时间估算+基因家族扩张和收缩分析+正选择分析+全基因组复制分析+基因组共线性分析。 |
五、评审专家名单：尼玛曲措、达勇、黄昌军、江合适、米玛普尺
六、代理服务收费标准及金额：发改价格（2015）299号及招标文件规定计取，1.3198万元
七、公告期限
自本公告发布之日起1个工作日。
八、其他补充事宜：/
九、凡对本次公告内容提出询问，请按以下方式联系。
1.采购人信息
名 称：西藏自治区农牧科学院农业研究所
地 址：西藏拉萨市金珠西路157号
联系方式：0891-*******查看详情
2.采购代理机构信息
名 称：西藏立信招标有限公司
地 址：拉萨市林廓北路2号（新气象宾馆院内）
3.项目联系方式
项目联系人：谭先生
电 话：0891-*******查看详情
二、开标时间：2024年02月20日 10:00
三、其它补充事宜
无
四、预算金额：
预算金额：90.******查看详情 万元（人民币）
